扁平疣可辨证分型为风热毒蕴证、肝经郁热证、脾虚湿蕴证、气滞血瘀证，药物治疗可使疣体消失、降低皮疹复发、不产生瘢痕、无后遗症，目前尚无针对HPV感染的特异性抗病毒药物。

常用有防风通圣丸、玉屏风颗粒、龙胆泻肝丸、血府逐瘀颗粒、逍遥丸/加味逍遥丸。

防风通圣丸可解表通里、散风清热解毒，治疗扁平疣时主要针对风热毒蕴证。可口服，6g/次，每日2次，1个月为1个疗程。

加味逍遥丸可疏中寓养、舒肝清热、气血兼顾、健脾养血、肝脾同调，在治疗扁平疣时主要针对肝经郁热证。可口服，9g/次，每日2次，1个月为1个疗程。

龙胆泻肝丸可泻肝火、清肝胆、清热利湿，使火降热清、湿浊分清，在治疗扁平疣时主要针对肝经郁热证。可口服，6g/次，每日2次，1个月为1个疗程。

血府逐瘀颗粒可活血化瘀、行气止痛，行血分之瘀滞、解气分之郁结，在治疗扁平疣时主要针对气滞血瘀证。可冲服，5g/次，每日3次，1个月为1个疗程。

玉屏风颗粒可益气、止汗、固表、邪而不伤正、固表而不屏邪，在治疗扁平疣时主要针对脾虚湿蕴证。可冲服，5g/次，每日3次，1个月为1个疗程。

六神丸研末后用米醋调成糊状，睡前用毛巾热敷患处10min后搽擦，次日早晨洗净，10d为1个疗程。

斑蝥素可在患处均匀涂一薄层，30～60min后清洗干净，1次/d。治疗期间若有微痛，减量隔天涂抹1次；若有水泡停药3d，结痂后每2～3d 1次。直至疣体脱落痊愈。

新鲜艾叶的汁液或纱布包鸦胆子肉涂擦患处，1～2次/d，10d为1个疗程。

狗脊30g与地肤子30g煎水擦洗患处，3～5次/d，10d为1个疗程。

薏苡仁可补脾渗湿等，食疗可使用30g，加入粳米粥，也可煎汤代水饮。